복지부, 1국 내지 5개과 폐지 예상 정부조직에 대한 경영진단에서 도출된 방안대로 시행되면 복지부의 경우 조직과 인력의 감축 및 감원은 불가피해져 최소 1국 내지 5개과가 없어질 것으로 예상됨. 우선 복지부가 가지고 있는 식품과 의약품 안전정책기능이 식약청으로 이관됨에 따라 현재 "보건정책국"소속의 "약무정책과"와 "식품정책과"그리고 보건자원관리국의 "식품의약품진흥과"등 3개과가 식품의약품안전청으로 자리를 옮겨야만 한다. 또한 전염병예방 및 질병관리기능이 보건원으로 이관되면"보건증진국" 소속의 "방역과" 와 "질병관리과 " 그리고 "구강보건과"가 국립보건원으로의 이관이 불가피해 지게 됨. 이렇게 되면 보건정책국은 현 4개과에셔 2개과로 , 보건증진국은 6개과에서 4개과로 , 자원관리국은 3개과에셔 2개과로 각각 줄어들 전망이어서 사실상 이들 해당국들의 업무조정으로 최소한 1국 정도가 없어지게 된다는 것임.